通过微观和宏观相结合的研究方法，以城市和区域生态系统为对象，在理论上，研究不同复合生态系统中人与自然的耦合机制与生态调控机理，发展复合生态系统生态学。在方法上，研究城市与区域生态系统评价与规划、生态保护与恢复的方法与措施，为复合生态系统调控与管理提供技术支持；在应用上，研究城市与区域生态安全保障机制，探索城乡生态建设与可持续发展模式，为国家及区域重大生态环境问题提供解决对策、为国家和区域可持续发展开展政策研究。

       围绕城市与区域生态系统人与自然耦合机理与调控方法，主要研究方向包括如下5个方面。

      （1）城市生态系统过程与调控：重点研究城市复合生态系统结构－过程－格局－功能特征与演变规律，揭示城市格局演变与经济社会发展的生态胁迫关系，以及城市生态系统物质代谢过程特征及其影响因子，发展城市生态调控与生态建设方法，为我国城市发展与管理提供科学基础和支撑。

      （2）区域生态系统过程与调控：重点开展生态风险胁迫特征、产生机理与过程、表征方法与评价模型等研究；研究我国重要生态问题形成机制与控制对策、重大工程与重大污染事故的生态风险评价与防范措施，为全面认知环境变化和人类活动的生态影响，及科学管理与保护生态系统提供科学依据。   

      （3）景观格局-过程与生态恢复：重点研究景观格局与生态过程的相互关系及其对景观功能和服务的影响，阐明景观动态演变规律和尺度效应、发展景观模拟与综合分析方法，探讨景观生态保护与恢复的途径，为景观综合管理和景观可持续性的维持提供科学依据和方法支撑。   

      （4）环境胁迫与生态系统响应：重点开展土壤生物多样性、土壤生物生态功能、土壤生物群落对环境变化和人类活动的响应与反馈等研究，为认识生态系统演变规律及驱动机制、预测环境变化和人类活动对生态系统的影响，以及退化生态系统生态重建提供科学依据。   

      （5）区域生态安全与可持续发展：重点开展区域生态完整性与生态分异规律、区域生态承载力和生态适宜性、区域生态联系和生产资产流转和区域生态补偿和环境利益共享机制等方面研究，为实现区域可持续发展提供科学依据。