城市与区域生态国家重点实验室成立于2006年，其前身为中国科学院系统生态重点实验室。
实验室面向国际生态学前沿和国家生态安全需求，以城市与区域生态系统为对象，以生态学为基础，兼融环境学、地理学、经济学和社会学等相关学科，开展人类活动胁迫下的生态系统演变机理及其调控机制研究，发展复合生态系统生态学，为解决我国重要生态环境问题、促进城市与区域可持续发展提供科学与技术支撑。实验室目标是建设成为国际著名的城市与区域生态学创新研究基地、人才培养基地和国家可持续发展政策研究中心。
实验室现有固定人员114人，其中中国科学院院士2名，发展中国家科学院院士1名，美国人文与科学院外籍院士1名，英国爱丁堡皇家学会外籍院士1名，研究员39名，副研究员31名，高级工程师3名。实验室设置5个研究团队20个研究组：（1）城市生态系统过程与调控；（2）区域生态系统过程与调控；（3）景观格局-过程与生态恢复；（4）环境胁迫与生态系统响应；（5）区域生态安全与可持续发展。
1986年建室以来，实验室针对人类活动胁迫下的生态系统开展了一系列创新性研究，提出了社会－经济－自然复合生态系统理论；围绕国家重大生态环境问题，将自然过程与社会经济过程相关联，开展了跨学科的综合性研究，如国家生态文明发展战略、酸沉降的生态环境效应与对策、中国生态功能区划、中国水生态安全模拟、黄土高原土地可持续利用等；规划并指导了我国第一个生态县、生态市、生态省的建设，推动了我国可持续发展的理论研究和实践；同时为国家重大工程建设中的生态保护提供了科技支撑，如西部大开发的生态建设、南水北调中的环境经济效益评价、西气东输工程沿线的生态恢复等。
自实验室成立以来，作为主要研究机构参与了《我们共同的未来》、《中国二十一世纪议程》及《中国可持续发展国家报告》等国内外重要报告的撰写；荣获各种科技奖励37项，其中国家自然科学二等奖2项，国家科技进步一、二等7项，省部级科技进步28项；发表论文2000多篇，出版专著100多部。培养博士后、博士和硕士研究生等300多人。
实验室的优势和特色
实验室面向国际生态学研究前沿和国内重大生态环境问题，经过长期的系统研究和发展，在城市生态、景观生态、生态系统服务功能评价、可持续发展战略和模式，以及一些重大生态环境问题研究方面取得了一系列原创性成果。为国家生态文明战略的制定、全国生态保护、城市与区域生态建设等国家可持续发展重要决策与政策的制定做出了重大贡献，在景观生态、城市生态、生态系统服务功能等研究方向跻身国际先进行列，主要学术带头人在国际生态学与环境领域的重要国际组织担任主席或副主席。目前实验室已成为具有国际影响的城市与区域复合生态系统生态学与可持续发展理论和模式的研究中心，在我国宏观生态学的发展中发挥了引领作用。2014年中国科学院组织的研究所国际评估中，评估专家组认为生态环境研究中心在生态系统服务功能与城市可持续性领域取得国际公认的重大突破，处于国际一流水平(“RCEES has internationally recognized Major Breakthroughs in …Ecosystem Services &Urban Sustainability”.“The Panel finds that RCEES is among the first-tier research institutes in the world in the areas of Persistent Toxic Substances, and in Ecosystem Services and Urban Sustainability.”)。
（1）以城市和区域生态系统为对象开展创新性研究：实验室最早提出了社会－经济－自然复合生态系统的概念和理论，建立了我国第一个城市生态系统研究站，开拓了我国城市生态学、景观格局与生态过程、生态系统服务功能评估等生态学新领域，城市生态、景观生态、生态系统评估、环境污染的生态风险、微生物生态格局等方向在国内发挥了引领作用，部分达到国际领先水平。促进了我国生态学科的发展，为我国可持续发展理论的发展做出了突出贡献。
（2）围绕国家重大生态环境问题进行综合研究：实验室一直坚持跨学科综合研究的方向，针对国家不同时期面临的突出生态环境问题，开展了系统研究，并取得了重要成果，如酸沉降的生态环境效应与对策、中国水生态安全、黄土高原土地可持续利用、全国生态系统变化调查与评估、中国生态功能区划、生物多样性保护和自然保护区规划和管理政策、汶川地震的生态影响评价与灾区生态承载力等均为国家生态建设和生态保护提供了科学依据和对策。
（3）面向国家可持续发展开展战略研究：围绕我国经济社会发展中出现的重大生态环境问题开展深入研究，为国家及区域可持续发展战略提供科学依据。自实验室成立以来，规划并指导我国第一个生态县、第一个生态市、第一个生态省的建设，在理论上阐明了生态县、生态市、生态省的内涵与实施途径，为我国实施可持续发展战略探索了新的模式。承担了国家生态文明建设战略研究，为国家确定生态文明建设目标与重点任务提供了科学依据。还为一些重大发展战略和工程，如西部开发战略的制定、西部大开发中生态建设、南水北调和西气东输工程建设中的生态保护与恢复等提供了技术支持，取得巨大的社会效益。作为主要研究机构参与了联合国环境与发展委员会的《我们共同的未来》、《中国二十一世纪议程》及《中国可持续发展国家报告》等重要报告的编写，为我国可持续发展战略的制定与实施提供了理论支撑和决策咨询。
（4）在城市与区域生态研究领域产生了重要国际影响：实验室在景观生态格局与过程、城市生态系统研究、生态系统服务功能评估与政策应用、区域生态风险与管理、微生物生态地理格局与功能等研究方向已跻身国际先进行列。傅伯杰、吕永龙、陈利顶等主要学术带头人分别在国际生态学会、国际环境问题科学委员会、国际景观生态学会担任主席或副主席。共有37人次在生态学领域重要国际学术刊物担任主编、副主编或编委职务。在国际生态学领域发挥越来越重要的作用。
