454高通量测序技术正逐步应用于土壤微生物，包括AM真菌的多样性分析，但到目前为止，针对土壤样品的AM真菌多样性分析454测序引物的选择仍是未解决的关键技术问题。我们选取了4组常用的菌根真菌特异引物，(1) SSUmAf/LSUmAr+SSUmCf/LSUmBr；(2) GeoA2/Geo11 + NS31/AM1；(3) AML1/AML2 + NS31/AM1 和 (4) AMV4.5NF/AMDGR，通过构建克隆文库的方法比较4组引物AMF的扩增比例、AMF多样性及群落结构，最终选定最适合的454测序引物。结果表明，引物(3) AML1/AML2 + NS31/AM1表现出较高的AM真菌扩增比例（66.7-90%），其AM多样性最高，也更能够真实反应AM真菌的群落结构，因而更适合土壤样品的AM真菌454检测。引物(2) GeoA2/Geo11 + NS31/AM1表现出明显的偏扩性，在土壤样品1中，它不能扩增出Group B，而其它3对引物均显示Group B在土壤1中为优势种。引物4的特异性在不同的环境样品间表现出极大的不稳定性，扩增出AM真菌的比例从5%到83%。虽然引物(1) SSUmAf/LSUmAr+SSUmCf/LSUmBr具有最高的AM真菌特异性（95-100%），但是AM多样性明显较低，与引物4相比，只表现出了36.4%的AM真菌多样性。上述结果说明，引物3最适合用于土壤样品AM真菌454测序，而引物1、2和4可能会低估或错误反映AM真菌的多样性。我们还对每一对引物的属性进行了详细的讨论，对于特定研究目的进行引物选择具有一定的指导意义。